有機肥之中有機質的分解轉化是一個復雜的過程，微生物活動在分解轉化過程之中起著重要作用。土壤環境非常適合微生物活動，所以土壤之中天然微生物數量多。因為土壤之中微生物種類繁多，數量大；一克土壤之中，微生物有幾十種到幾百種，幾億到幾十億個，土壤微生物繁殖迅速，在有機質的轉化和分解之中起著重要作用。土壤微生物包括細菌、放線菌、真菌和藻類。
（1）細菌
細菌是一種單細胞微生物，是土壤之中分布廣、數量多的微生物。細菌有三種基本形態：球形、桿狀和螺旋形；有球菌、桿菌和螺旋體（40種）；包括弧菌&41；三種類型。土壤細菌按其營養類型可分為自養菌、兼性自養菌和異養菌。
（2） 真菌
土壤真菌分布廣泛，適應廣泛的酸性條件，在PH4.0條件之下生長良好，對森林土壤有機質的轉化起著重要作用。土壤真菌是異養的。它們必須從土壤有機質之中獲取能量和碳源，并在發育過程之中需要良好的供氧。根據真菌與樹木的關系及其營養類型，真菌可分為腐生真菌、寄生真菌和共生真菌。
（3） 放線菌
放線菌是細長的菌絲體，呈分枝狀或放射狀。它們在土壤之中僅次于細菌。大多數是腐生植物。許多放線菌能分解纖維素、淀粉、脂肪、木質素和蛋白質。
（4） 藻類
土壤之中含有大量的藻類，含有葉綠素，能夠進行光合作用，并能自行合成有機物，所以它們大多生長在土壤表層。它們之中的一些以異養生物為生，在更深層次之上分解有機物。有些物種，如藍藻，有固定氮的能力
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